Nogomet se počeo igrati u Bugojnu još 1919. godine, kada je prvu loptu donio Tomislav Domaćinović, ali je prvi nogometni klub, NK Sloga, osnovan tek 1933. godine, da bi već 1935. godine bio preimenovan u NK Zrinjski.
Ipak, to je ime zabranjeno 1945. godine, klub je dobio ime NK Jedinstvo, a 1947. današnje ime NK Iskra, da bi 1959. godine došlo do spajanja NK Iskra Bugojno i NK Radnički Bugojno, koji je inače bio osnovan 1953. godine, te se novi klub kratko zvao NK Bugojno, no ubrzo je vraćeno staro ime – NK Iskra, koje od tada traje i do dana danas.
NK Iskra je od svog osnivanja po tim imenom, pa do 1972. godine, uglavnom igrala u trećem ili nižim rangovima tadašnje države SFRJ, no od te 1972. godine, kada je prvi put izborila plasman u Drugu ligu SFRJ – grupa Zapad, uglavnom je igrala u drugom razredu nogometa tadašnje države.
Najveći uspjeh ovog kluba zabilježen je 1984. godine, kada je Iskra osvojila Drugu ligu SFRJ – grupa Zapad, nakon čega je igrala jednu sezonu u Prvoj ligi SFRJ, što je bio najjači rang takmičenja te države, no sezonu je završila na 17. mjestu sa 27 osvojenih bodova i ispala iz lige.
Ipak, Iskra je te godine osvojila Mitropa kup, odnosno, Srednjoevropski kup, ostavivši iza sebe viceprvaka, italijansku Atalantu iz Bergama, što je prvi i jedini međunarodni trofej koji je osvojio ovaj klub u svojoj historiji, a ujedno je ovaj bigojanski klub tek jedan od tri iz BiH koji se mkže pohvaliti trofejim nekog međunarodnog takmičenja, preostala dva su NK Čelik Zenica i FK Borac Banjaluka, oba također osvajači Mitropa kupa.
Od 1984. godine pa do 1992. godine Iskra je igrala u Drugoj ligi SFRJ – grupa Zapad, da bi raspadom SFRJ, Iskra od 1994. godine zaigrala u Prvoj ligi BiH, tada najjačem rangu nogometa u BiH, iz koje je kasnije nekoliko puta ispadala i vraćala se u istu, da bi 2002. godine klub ispao iz Premijer lige BiH, najjačeg razreda nogometa u BiH, gdje se više nikada nije vratio.
Od te 2002. godine Iskra je uglavnom igrala u Prvoj ligi FBiH, iz koje prvi put 2014. godine ispada u Drugu ligu FBiH, što je treći rang bosanskohercegovačkog nogometnog takmičenja, a odakle se u par navrata vraća u Prvu ligu FBiH i ponovo ispada, pa do danas kada je ovaj klub član Druge lige FBiH – grupa Zapad.
Svoje domaće mečeve Iskra igra već više od četrdeset godina na stadionu “Jaklić” u Bugojnu, a koji je inače izgrađen 1980. godine, te je od tada do danas nekoliko puta bio i renoviran.
